注:可在下文‘文件’中找到使用 Torrent Suite 軟件 5.2 進(jìn)行 cfDNA 變體分析的靶標(biāo)和熱點(diǎn) BED 文檔和用戶指導(dǎo)文件。
•用于短 cfDNA (~170 bp) 的優(yōu)化擴(kuò)增子設(shè)計(jì)
• 檢測(cè)單核苷酸變異 (SNV) 和低至 0.1% LOD 的短插入缺失
• 優(yōu)化的靶向測(cè)定試劑盒設(shè)計(jì)可進(jìn)行高度多重下一代測(cè)序 (NGS),降低測(cè)序成本
• 非常高的靈敏度和特異性,可使用較小假陽(yáng)性進(jìn)行極低水平檢測(cè)
• 高效工作流程,從一管血液到得出結(jié)果僅需 2 天
為什么病理科醫(yī)生和腫瘤科醫(yī)生關(guān)注液體活檢臨床癌癥研究?液體活檢相比于傳統(tǒng)實(shí)體腫瘤樣本檢測(cè)的優(yōu)勢(shì):
• 微創(chuàng)獲取,可多次采集腫瘤內(nèi)容物樣品
• 與傳統(tǒng)組織采樣相比成本更低
• 從采樣至得到結(jié)果的周轉(zhuǎn)時(shí)間更短
• 有助于捕獲更多腫瘤的異質(zhì)性
• 可改善未來(lái)標(biāo)準(zhǔn)診療
使用 Ion Chef™ 系統(tǒng)和 Ion S5™ XL 測(cè)序系統(tǒng)可僅在 2 天內(nèi)完成從使用 MagMAX™ 無(wú)細(xì)胞 DNA 分離試劑盒進(jìn)行 cfDNA 分離到樣品分析的整個(gè)工作流程(下圖)。
與具有低 LOD (1-5%) 的其他技術(shù)不同,Oncomine 肺 cfDNA 測(cè)定試劑盒具有低至 0.1% 的靈活檢測(cè)限或在 1,000 個(gè)野生型拷貝背景中具有 1 個(gè)突變體拷貝。為了達(dá)到 0.1% LOD,需要 20 ng cfDNA 上樣量。cfDNA 用量可以更低,但 LOD 將更高,這取決于上樣量。
簡(jiǎn)單性、速度和可擴(kuò)展性
Oncomine 肺 cfDNA 測(cè)定試劑盒只需 1 ng cfDNA 上樣量即可進(jìn)行靶向文庫(kù)構(gòu)建從而進(jìn)行癌癥基因研究。cfDNA 檢測(cè)試劑盒使用標(biāo)準(zhǔn) PCR 設(shè)備和 2 次簡(jiǎn)單的 PCR 反應(yīng),一次用于測(cè)序,另一次用于擴(kuò)增文庫(kù)以進(jìn)行高度多重 PCR 靶標(biāo)的選擇,這將減少擴(kuò)大資本投資的需求。此外,Oncomine Lung cfDNA 檢測(cè)試劑盒與 FFPE 樣品兼容,可用于潛在的一致性研究。靶向文庫(kù)的總時(shí)間通常僅為 3.5 小時(shí)。使用標(biāo)簽測(cè)序條形碼套件 1-24 實(shí)現(xiàn)可擴(kuò)展性和靈活性