中文名稱:Boc-3-(Fmoc-氨基甲基)-D-苯基丙氨酸
英文名稱:Boc-D-3-Aminomethylphe(Fmoc)
CAS號:1213080-68-2
別名:(2R)-3-[3-[(9H-fluoren-9-ylmethoxycarbonylamino)methyl]phenyl]-2-[(2-methylpropan-2-yl)oxycarbonylamino]propanoic acid
(R)-3-(3-(((((9H-Fluoren-9-yl)methoxy)carbonyl)amino)methyl)phenyl)-2-((tert-butoxycarbonyl)amino)propanoic acid
分子式:C30H32N2O6
分子量:516.58500
結(jié)構(gòu)圖:
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大量的蛋白-蛋白相互作用由蛋白和多肽片段的結(jié)合所介導(dǎo),確定蛋白-多肽的相互作用對開發(fā)多肽基礎(chǔ)的藥物具有重要意義。時至今日,已經(jīng)有多個蛋白-多肽相互作用計算軟件,但并沒有系統(tǒng)的性能評估報道。
本文中作者收集了185個蛋白-多肽復(fù)合物,建立測試集合PepSet,其中多肽的長度覆蓋5-20個氨基酸。作者在此測試集上對14種常見對接軟件,包括:三個蛋白-蛋白對接軟件(ZDOCK, FRODOCK, and HawkDock),三個蛋白-小分子對接軟件(GOLD, Surflex-Dock, and AutoDock Vina),以及八個蛋白-多肽對接軟件(GalaxyPepDock, MDockPeP, HPEPDOCK,CABS-dock, pepATTRACT, DINC, AutoDock CrankPep (ADCP), HADDOCK peptide docking)。同時為了比較不同的軟件,作者提出新的評分IL_RMSD,用天然接觸對的比例來描述對接精度。